Genç çift birbirine rakip, iki büyük krallık olan ilkel ama göz alıcı Itha ile gelişmiş ancak disiplinsiz Paro arasındaki savaşa bulaşmıştır. Izu ve genç karısı Marin, Itha ve Paro arasında yatan, sessiz sakin bir yer olan Çiçekler Köyü'nde yaşayan basit çiftçilerdir. Çiçekler Köyü'nün ne Itha gibi güzelliği ne de Paro'nunki gibi savaş makineleri vardı, sahip oldukları tek şey kendisine dua eden köylülere "güzel anılarla" dönüş yapan "Windaria" olarak bilinen ağaçtır. Savaş patlak verdiğinde, kendisine rüşvet olarak verilen harika motorsikletle kandırılan Izu, Paro ordusuna katılmaya karar verir, ayrılmalarından önce, Izu kesinlikle geri döneceğine dair ve Marin o dönene kadar  onu bekleyeceğine dair yemin eder. Diğer aşık çift ise Paro Prensi Jill ve Itha Prensesi Ahnas'tır. Başlangıçta ikisi de çabuk gelişen anlaşmazlık hakkında birşey yapmak istemezler ancak savaş üzerine yaptıkları tartışma sonrası oğlunun ellerinde ölen Paro Kralı'nın, yani Jill'in babasının vasiyeti "Itha'yı fethet" sözleri üzerine, Jill'in fazla bir şansı kalmaz. Tek problem iste sevgilisi Ahnas'a bu işe dahil olmamak için verdiği sözdür. Windaria, tek boynuzlu atların ve hayalet gemilerin olduğu bir savaş hikayesidir.