Hikâye, çocukları ve karısını bir ninja savaşında kaybeden Kenji Fujikido etrafında şekillenmektedir. Ninja ruhlarının serbestçe dolaşabildiği Neo Saitama'da, Kenji Fujikido bir ruh tarafından ele geçirilmiştir ve kendisini Ninja Slayer'a dönüştürmüştür. Böylece Kenji, ailesinin intikamını almak için tüm ninjaları öldürmeye ant içer.