Amuro Ray gibi savaş kahramanlarının fedakârlıkları sayesinde, Evrensel Yüzyıl'ın 105. yılında güçlükle kazanılmış ancak kısa ömürlü bir barış dönemi yaşanır. Dünya Federasyonu, gezegen ve çevresindeki uzay kolonileri üzerindeki askerî kontrolünü sürdürmektedir. Char Aznable'ın ihmalkâr Federasyon'a karşı isyanı nihai başarısızlıkla sonuçlanmış olsa da, tüm insanlar için hakiki özgürlüğe dair devrimsel düşünceleri yaşamaya devam etmektedir. Ünlü bir Federasyon komutanının oğlu olmasına rağmen Hathaway Noa, hem asker Amuro Ray'in ölümsüz sadakatini hem de isyancı lider Char Aznable'ın savaşçı tutkusunu bünyesinde barındırmaktadır. Char'ın İsyanı'na dair anılarla lanetlenen Hathaway, Mafty olarak bilinen muhalif bir gruba liderlik eder. "Mafty Navue Erin" takma adını kullanarak Federasyon'un artan zulmüne karşı isyan eder ve birçok vahşi eylem gerçekleştirir. Sahte bir şekilde, Mafty olduğunu iddia eden bir terörist grubun bindiği uçağı ele geçirmesini engel olan Hathaway'in gizli kimliği Gigi Andalucia adlı genç bir kadın tarafından keşfedilir. Hathaway hem Gigi hem de Federasyon albayı Kenneth Sleg ile arkadaş olur, ancak Mafty ve Federasyon arasındaki silahlı çatışma doruğa ulaştığında Hathaway'in çifte kimliği onları tehlikeye atar.