2196 yılında insanlık Jupiter'den gelen bir saldırı filosunun tehdidi altında kalır dahası insanlığın o zamana kadarki en büyük armadası bu tek filoya zarar dahi veremez.İlk saldırı dalgası insanlığın Mars kolonilerinin yokedilmesi ile sonuçlanır.Özel bir şirket olan Nergal, ikinci saldırı dalgasının gelişinden önce kuantum teknolojisi ve anti madde reaktörü kullanan yeni tip bir savaş gemisi hazırlar ve personelini sivillerden oluşturur. Herbiri biri diğeriyle alakasız bu personele Dünya Federasyonu amirali Koichiro Misumaru'nın kızı Yurika Misumaru kaptanlık edecektir. Olaylar Nadesico'nun kalkışa arifesinde başlarken hikayemizin ana karakteri Akito Tenkawa ise bu olaylar olana dek huzurlu bir yaşam dışında hiçbir beklentisi kalmamış bir ahçı yamağıdır. Mars kolonilerinde bundan birkaç yıl önce şahit olduğu soykırım kişiliğinde büyük bir travma oluşturmuştur ve hayatının bu dönemine dair çoğu anıyı artık net hatırlamamaktadır ve Jovian Sürüngenleri adı takılan bu robot ordusunun saldırısıyla ölenleri çok uzaktan hissedip onların acısıyla şoka girebilmektedir. İkinci saldırı dalgasının dünya atmosferine girişiyle birlikte Akito artık bir işsizdir ve yolda bisikletiyle giderken bağajdan düşen bir bavula çarparak düşer. Bavulun sahibi olan kıza eşyalarını toparlamasına yardım eder, kız giderken ardında unuttuğu bir resme baktığındaysa onun, işgalden önce Mars'da geçen hayatındaki çocukluk arkadaşı Yurika olduğunu fark eder ve onun peşinden Nergal şirketinin tesislerine gider. Fakat amacı Yurika'ya aşkını itiraf etmek yada eski günleri anmak değildir: Akito, işgalden önce Yurika'nın ailesinin Mars'dan ayrıldığı gün havaalanında gerçekleşen patlamayı ve oraya gittiğinde ebeveynlerinin vurulmuş cesetlerini görmüştür. Dahası Yurika ve ailesinin bu olanlar için olağan şüpheli olduğunu düşünmektedir. Tam da bu sırada üs Jovian Sürüngenleri'nin saldırısına uğrar dahası gemideki tek pilot olan Daigoji Gai kendini oldukça komik bir şekilde sakatlamıştır. Akito onun Aestivalis'ine pilot olur ve birkaç Jovian Sürüngeni'ni yoketmeyi başarır fakat etrafı onlardan yüzlercesi ile çevrilmiştir. Bunun üzerine Yurika, Nadesico'nun gizli silahı olan Boyutsal Çarpıtıcı Silah'ı ateşleme emri vererek o zamana dek lazer silahlarının bile işlemediği sanılan düşmanların yüzlercesini tek atışta imha eder fakat bu olay hiç tahmin etmedikleri bir sonuç verecektir.Bu olaya şahit olan Dünya Federasyonu komutanları ve Birleşmiş Milletler, o zamana dek görülmemiş teknolojiye sahip bu gemiye el koyma kararı alırlar. Nadesico mürettebatı bu olay karşısında daha takviyelerini bile tamamlayamadan dünyayı terk etmek zorunda kalır. Şimdi olaylar onları hem iki düşmana karşı birden savaşmak zorunda kalacakları bir mücadeleye hem de Jovian saldırılarının esas amacını ortaya çıkartmaya yöneltecektir. Akito ise hem isteği dışında bir savaşçı rolünü benimserken giderek artacak trajediler ve belirsizliklerle yüzleşmek hem de ve kafasını kurcalayan tüm soruların cevaplarını bu savaşta ortaya çıkacak gerçekler içinde bulmak zorunda kalacaktır.