Dünyadaki son büyük savaşın ve endüstrinin çöküşünün üzerinden bin yıl geçmiştir. Dünyayı çöller, tehlikeli böcekler, zehirli bitkiler sarmakta ve bazı mantar türlerinin yaydığı zehirli gazlar atmosfere yayılarak gittikçe azalan insan ırkını tehdit etmektedir. Nausicaä, az sayıda insanın tarımla uğraşıp böcek ve mantarlarla mücadele ederek yaşadığı Rüzgâr Vadisi’nin prensesidir. Bir gün vadiye başka bir krallığın uçağı düşer. Sadece kargosu sağlam kalmıştır, arkasından krallığa ait askerler gelerek vadiyi ele geçirirler. Kargoda bin yıldır unutulan ve başka bir krallıktan çalınan dünyayı değiştirmekte kullanılacak bir şey vardır. Rüzgar Vadisi bu iki krallık için hedef haline gelirken Nausicaä dünyayı eski haline getirmenin yolunu keşfetmiştir.