Edo döneminin sonlarıdır. Dünya ve Amanto adı verilen uzaylılar arasında bir savaş patlak vermiştir. Savaş sırasında pek çok samuray hayatlarını kaybetmiş ve savaşı Amanto'lar kazanmıştır. Hükümet artık Amanto'ların kontrolü altındadır ve Edo'yu (eski Tokyo) istedikleri gibi yönetmektedirler. Ayrıca hükümet kılıç kullanımını da yasaklamıştır. Böylelikle artık samuraylara ihtiyaç yoktur. Sakata Gintoki, bu dönemde yaşayan eski bir samuraydır. Kagura adındaki Yato klanından bir kıza, Shinpachi adındaki gözlüklü bir çocukla ve Sadaharu adındaki kocaman köpekleri ile birlikte, Yorozuya adında bir dükkan işletmektedir. Yorozuyada her türlü işi ücret karşılışında yapıp kiralarını ödemeye çalışırlar. Bu grubun başına gelen bazen komik, bazen hüzünlü ve bazen de macera ve aksiyon dolu olayları ele alır. Bazen de Gintokinin eski savaş yoldaşlarından olan ve 'Kihetai' denen bir terör örgütünün lideri olan Takasugi ile mücadele ederler. Olaylar geliştikçe Amantolar arkasındaki gerçek önyüze çıkmaya başlayacak ve örgütler arası savaşlar çıkacaktır...