Fujimiya Momiji; her zaman sadece bir efsane olduğunu sandığı, kadınları kendini kurban ederek Aragami denilen yaratıkları yok etme gücüne sahip olan Kushinada soyundan gelen liseli bir kızdır. Yüzyıllardır uyuyan Aragami, yeniden faaliyete geçip Tokyo’ya saldırmaya başlar. Kim olduğundan habersiz Momiji’nin yoluna çıkan Aragami, “Blue Seed”lerden birini kazayla Momiji’ye enjekte eder. Bu Blue Seed denilen mitamalar, Aragami’nin kalbi ve ruhudur aslında. Bu arada Aragami’yi durdurmak üzere hükümet adına çalışan bir grup olan TAC ve bu yaratıklardan intikam almak isteyen Kusanagi Mamoru adında bir genç de Momiji’ye yardım eder. TAC, Momiji ve Kusanagi birlikte çalışarak Aragami’lere karşı savaş açarlar.